人間のエーテル体には、ほぼ頭頂と会陰を結ぶ体の中心線上に沿って、精妙なエネルギーの中枢である主要な7つの神経叢のチャクラが存在します。また、ほぼ脊柱に沿って、主要な7つの脊髄のチャクラが存在します。
チャクラには、この2つの系統のチャクラがあり、そして、チャクラからの気の出入り口である体表のツボがあります。(体表のツボはチャクラではありませんが、便宜的に体表のチャクラとも呼び、体表のチャクラまで含めて3系統のチャクラとする場合もあります。)
各チャクラの位置は、おおよそ下図のようになっています。
男性と女性では、スワーディシュターナ・チャクラとムーラーダーラ・チャクラの位置が異なっています。
脊髄のスワーディシュターナ・チャクラは男女とも尾骨先端にあります。しかし神経叢のスワーディシュターナ・チャクラは、男性が2つの精嚢の中間にあるのに対し、女性は子宮にあります。また、体表のツボは男性は関元であるのに対し、女性では気海です。
脊髄のムーラーダーラ・チャクラは、男性は会陰より数cm内部にあるのに対し、女性は子宮頸部後端にあります。神経叢のムーラーダーラ・チャクラは、男女とも会陰より数cm内部にあります。体表のツボは男女とも会陰です。