任命に当たって新会員の推薦名簿を菅首相が「見ていない」と驚愕の発言したことから、さらに混乱を生みました。「見ていない」のが本当であれば日本学術会議法の「推薦に基づいて」に首相が違反し、また首相以外の誰かが6名を除外したことになることから政府も違法行為を行ったことになります。さすがにマズイと思ったのでしょう、加藤官房長官が「詳しくは見ていなかった」と苦しい言い訳をしました。さらに12日、政府関係者により、6名除外の判断には杉田和博官房副長官が関与していたことが明らかになりました。いいぞ、どんどんリークしてほしい。それによると推薦リストから外す６人を選別したのは杉田官房副長官で、菅首相はそれを確認したとあります。その一連の流れを官僚の経験から裏付けられたのが、文科省事務次官だった前川喜平氏でした。13日の野党合同ヒアリングでの要請に応え、前川氏ご自身がかつて杉田官房副長官から差し替えを指示された経験があり、しかもその理由を「こういう政権を批判するような人物を入れてもらっては困る」とはっきり言明された経験を語られました。また、今回の任命拒否に至る推論も非常に説得力がありました。まず杉田官房副長官が105名の推薦会員全ての身辺調査を行い、6名を絞り込む。菅首相はその人選を「詳しく見ずに」拒否するという安倍政権からの強権体質がよく分かるものでした。今回の件は、菅首相が「学問の自由など精神的自由への認識が希薄だった」のか、あるいは寺脇研氏の指摘するように「反発を承知で学問の自由を狙ってきた」のか。これまで表立って批判にさらされることのなかった公安警察出身、官邸ポリスの中心人物・杉田和博官房副長官の存在が大きく取り上げられたことは注目です。